NVIDIA Details BioNeMo Inference Runtime (BioIR): 2.90x Higher Boltz-2 Folding Throughput and 58.5K Residues per GPU-Hour on 8xH100

📋总体概括

NVIDIA详细介绍了其BioNeMo推理运行时BioIR，这是一个基于PyTorch的Python库，用于加速GPU上的生物分子结构预测模型。在与开源torch.compile实现的同条件对比中，BioIR加速的Boltz-2在8xH100上完成1000个人类二聚体靶点基准测试，达到每GPU小时5.85万成功折叠残基，是对照组2.02万的2.90倍。其优化分为三层：定制算子选择、CUDA Graph捕获与基于Ray的副本扩展。BioIR已支撑AlphaFold数据库扩展，在4777个蛋白质组中生成了约3100万个候选蛋白复合物。